- Introduction
- Prerequisites
- Conda virtual environments
- Check your conda installation
- .condarc
- Default packages
- Create a new environment
- Activate your environment
- Locate your environment
- More later
- Resources
Introduction
With conda, you can create, update, export and import virtual Python environments that have different versions of Python and/or packages installed in them. If you use Eclipse as your Integrated Development Environment (IDE) you can easily reset your Python source to a virtual version created in conda. You can also share an environment by exporting and then importing it.
Prerequisites
Conda must be installed as described in this post.
Conda virtual environments
Karttur’s GeoImagine Framework requires a large set of Python packages to work. You have to install these packages and then link them to the Framework Spatial Data IDE (SPIDE). Many high level packages depend on other, more basic, packages. When installing many packages there is a large risk of forcing conflicting requirements regarding the versions of shared (i.e. more basic) packages. Sequentially installing (high level) packages can easily lead to a corrupt system due to conflicting requirements regarding shared packages.
To avoid having your complete system corrupted, it is recommended that you build the Python system and packages using a “virtual” environment. In essence this means that you build a system command for creating a role is is working as a stand-alone solution not affecting the core (or ‘base’) system. This is easily done in conda. This tutorial will take you through the steps of creating a virtual python environment in conda. Then you can proceed to install Eclipse and setup PyDev using the virtual environment created in this post.
Check your conda installation
Open a Terminal window, and confirm that Anaconda is installed by typing at the prompt:
$ conda -V
By default, the active environment—the one you are currently using—is shown in parentheses () or brackets [] at the beginning of your command prompt. If you have not installed any virtual environments, the default environment is base :
(base) $ ,
if you have defined and activated a virtual environment it will be shown instead:
(myenv) $ .
If you do not see this, run:
conda info --envs
To update or manage your conda installation you need to deactivate any customized environment and return to the base environment. The best way to do that is to use the activate command with no environment specified:
$ conda activate
Alternatively you can deactivate the present environment, but if you do that while in base , it might crash your conda setup. Thus I do not write out the command for that.
When in the base environment the terminal prompts should look like this:
(base) $
To update your Anaconda distribution, type:
$ conda update conda
$ conda update anaconda
.condarc
To create a virtual environment from scratch you need to have a .condarc configuration file in you personal folder.
The .condarc was not included by default when you installed conda . To find out if you have a .condarc file open a terminal window and type:
$ conda info
Look for the line user config file: in the results.
If you do not have a .condarc file, you can create it by using a text editor (e.g. Atom ), directly from the command line ( ~$ pico .condarc ) or by running the command:
$ conda config
You can set a lot of parameters and functions in .condarc (as described here ), but for now you will only use it for defining a set of default packages that will always be included when creating a new environment.
Default packages
The manual for setting default packages to install with every new environment is described here . Lists of available default packages for different conda distributions are found here . The advantage with installing the core components in a single command is that conda will solve conflicts among dependencies. In other words, it is best to install all packages at once, so that all of the dependencies are installed at the same time. The above list will also install several other packages that are required by the Framework.
Default packages only
For creating virtual conda python environments only using conda default packages for Karttur’s GeoImagine Framework, add the following lines to your .condarc file:
create_default_packages:
- cartopy
- fiona
- gdal
- geopandas
- h5py
- matplotlib
- netcdf4
- numba
- numpy
- pandas
- pip
- psycopg2
- rasterio
- scipy
- statsmodels
- xmltodict
channels:
- defaults
Default and conda-forge packages
conda-forge is a community-led collection of recipes, build infrastructure and distributions for the conda package manager. Some of the conda packages required to run the complete Framework are not available as default packages, but with conda-forge. You can extent the .condarc configuration to also include packages available at conda-forge . You can also install the conda-forge packages after you have set up the default packages - the commands for the latter are given further down in this post. If you want to ty out using extending the configuration, update your .condarc file:
create_default_packages:
- cartopy
- fiona
- gdal
- geopandas
- h5py
- matplotlib
- netcdf4
- numba
- numpy
- pandas
- pip
- psycopg2
- rasterio
- scipy
- statsmodels
- xmltodict
- plotnine
- pypng
- sentinelsat
- svgwrite
- tqdm
channels:
- conda-forge
- defaults
Default packages only
The example below is the result from creating a new environment only using conda default packages.
If you now create a new environment:
$ conda create —-name geoimagineXYZ ,
the rather short list of default packages will create a rather long list of package to install.
Hide/Show conda create command and response
$ conda create --name geoimagine001
CCollecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /Applications/anaconda3/envs/geoimagine_202110
added / updated specs:
- cartopy
- fiona
- gdal
- geopandas
- h5py
- matplotlib
- netcdf4
- numba
- numpy
- pandas
- pip
- psycopg2
- rasterio
- scipy
- statsmodels
- xmltodict
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
affine-2.3.0 | pyhd3eb1b0_0 17 KB
aws-c-common-0.4.57 | hb1e8313_1 140 KB
aws-c-event-stream-0.1.6 | h23ab428_5 21 KB
aws-checksums-0.1.9 | hb1e8313_0 47 KB
aws-sdk-cpp-1.8.185 | he271ece_0 1.6 MB
bottleneck-1.3.2 | py37hf1fa96c_1 107 KB
cached-property-1.5.2 | py_0 11 KB
cairo-1.16.0 | h8023c5d_1 911 KB
cartopy-0.18.0 | py37hf1ba7ce_1 1.7 MB
certifi-2021.10.8 | py37hecd8cb5_0 151 KB
cfitsio-3.470 | hee0f690_6 782 KB
cftime-1.5.0 | py37he3068b8_0 168 KB
click-plugins-1.1.1 | pyhd3eb1b0_0 10 KB
cligj-0.7.2 | py37hecd8cb5_0 13 KB
cycler-0.10.0 | py37_0 14 KB
fiona-1.8.13.post1 | py37h9c05f0f_0 639 KB
fontconfig-2.13.1 | ha9ee91d_0 211 KB
freexl-1.0.6 | h9ed2024_0 38 KB
gdal-3.0.2 | py37ha6ec53f_1 1.1 MB
geopandas-0.9.0 | py_1 10 KB
geopandas-base-0.9.0 | py_1 919 KB
geos-3.8.0 | hb1e8313_0 815 KB
geotiff-1.6.0 | h02c1893_0 120 KB
giflib-5.2.1 | haf1e3a3_0 70 KB
h5py-3.2.1 | py37h90fc2a2_0 894 KB
hdf4-4.2.13 | h39711bb_2 682 KB
hdf5-1.10.6 | hdbbcd12_0 3.0 MB
json-c-0.13.1 | h3efe00b_0 59 KB
kealib-1.4.14 | h7bbef82_0 139 KB
kiwisolver-1.3.1 | py37h23ab428_0 52 KB
libboost-1.73.0 | hd4c2dcd_11 12.7 MB
libdap4-3.19.1 | h3d3e54a_0 1.1 MB
libgdal-3.0.2 | ha1444b2_1 10.4 MB
libkml-1.3.0 | h952ee91_5 425 KB
libnetcdf-4.6.1 | hfd9a460_4 782 KB
libpq-12.2 | h1b4eb34_1 2.0 MB
libspatialite-4.3.0a | h5142b36_0 2.1 MB
llvmlite-0.36.0 | py37he4411ff_4 296 KB
mapclassify-2.4.3 | pyhd3eb1b0_0 36 KB
matplotlib-3.4.2 | py37hecd8cb5_0 26 KB
matplotlib-base-3.4.2 | py37h8b3ea08_0 5.5 MB
mkl-service-2.4.0 | py37h9ed2024_0 44 KB
mkl_fft-1.3.0 | py37h4a7008c_2 159 KB
mkl_random-1.2.2 | py37hb2f4e1b_0 263 KB
munch-2.5.0 | pyhd3eb1b0_0 13 KB
netcdf4-1.5.7 | py37h1695cb1_0 387 KB
numba-0.53.1 | py37hb2f4e1b_0 3.2 MB
numexpr-2.7.3 | py37h5873af2_1 124 KB
numpy-1.21.2 | py37h4b4dc7a_0 23 KB
numpy-base-1.21.2 | py37he0bd621_0 4.6 MB
olefile-0.46 | py37_0 49 KB
pandas-1.3.3 | py37h5008ddb_0 8.8 MB
patsy-0.5.2 | py37hecd8cb5_0 268 KB
pillow-8.3.1 | py37ha4cf6ea_0 607 KB
pip-21.0.1 | py37hecd8cb5_0 1.8 MB
pixman-0.40.0 | h9ed2024_1 341 KB
poppler-0.81.0 | h031bf0f_2 1.5 MB
poppler-data-0.4.10 | hecd8cb5_0 2.1 MB
postgresql-12.2 | h1b4eb34_1 3.3 MB
proj-6.2.1 | hfd5b9e3_0 8.8 MB
psycopg2-2.8.6 | py37hbcfaee0_1 139 KB
pyproj-2.6.1.post1 | py37hdfdfadc_1 330 KB
pyshp-2.1.3 | pyhd3eb1b0_0 37 KB
python-3.7.11 | h88f2d9e_0 18.1 MB
rasterio-1.1.0 | py37heeaa653_0 6.5 MB
rtree-0.9.7 | py37hecd8cb5_1 47 KB
scikit-learn-0.24.2 | py37hb2f4e1b_0 4.8 MB
scipy-1.7.1 | py37h88652d9_2 15.3 MB
setuptools-58.0.4 | py37hecd8cb5_0 787 KB
shapely-1.7.1 | py37h9250791_0 372 KB
snuggs-1.4.7 | pyhd3eb1b0_0 9 KB
statsmodels-0.12.2 | py37h9ed2024_0 8.2 MB
tiledb-2.2.9 | hdc16fd3_0 1.5 MB
tornado-6.1 | py37h9ed2024_0 588 KB
xerces-c-3.2.3 | h48eee30_0 1.9 MB
------------------------------------------------------------
Total: 144.6 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
affine pkgs/main/noarch::affine-2.3.0-pyhd3eb1b0_0
attrs pkgs/main/noarch::attrs-21.2.0-pyhd3eb1b0_0
aws-c-common pkgs/main/osx-64::aws-c-common-0.4.57-hb1e8313_1
aws-c-event-stream pkgs/main/osx-64::aws-c-event-stream-0.1.6-h23ab428_5
aws-checksums pkgs/main/osx-64::aws-checksums-0.1.9-hb1e8313_0
aws-sdk-cpp pkgs/main/osx-64::aws-sdk-cpp-1.8.185-he271ece_0
blas pkgs/main/osx-64::blas-1.0-mkl
bottleneck pkgs/main/osx-64::bottleneck-1.3.2-py37hf1fa96c_1
brotli pkgs/main/osx-64::brotli-1.0.9-hb1e8313_2
bzip2 pkgs/main/osx-64::bzip2-1.0.8-h1de35cc_0
c-ares pkgs/main/osx-64::c-ares-1.17.1-h9ed2024_0
ca-certificates pkgs/main/osx-64::ca-certificates-2021.9.30-hecd8cb5_1
cached-property pkgs/main/noarch::cached-property-1.5.2-py_0
cairo pkgs/main/osx-64::cairo-1.16.0-h8023c5d_1
cartopy pkgs/main/osx-64::cartopy-0.18.0-py37hf1ba7ce_1
certifi pkgs/main/osx-64::certifi-2021.10.8-py37hecd8cb5_0
cfitsio pkgs/main/osx-64::cfitsio-3.470-hee0f690_6
cftime pkgs/main/osx-64::cftime-1.5.0-py37he3068b8_0
click pkgs/main/noarch::click-7.1.2-pyhd3eb1b0_0
click-plugins pkgs/main/noarch::click-plugins-1.1.1-pyhd3eb1b0_0
cligj pkgs/main/osx-64::cligj-0.7.2-py37hecd8cb5_0
curl pkgs/main/osx-64::curl-7.78.0-h7bc2e8c_0
cycler pkgs/main/osx-64::cycler-0.10.0-py37_0
expat pkgs/main/osx-64::expat-2.4.1-h23ab428_2
fiona pkgs/main/osx-64::fiona-1.8.13.post1-py37h9c05f0f_0
fontconfig pkgs/main/osx-64::fontconfig-2.13.1-ha9ee91d_0
fonttools pkgs/main/noarch::fonttools-4.25.0-pyhd3eb1b0_0
freetype pkgs/main/osx-64::freetype-2.10.4-ha233b18_0
freexl pkgs/main/osx-64::freexl-1.0.6-h9ed2024_0
gdal pkgs/main/osx-64::gdal-3.0.2-py37ha6ec53f_1
geopandas pkgs/main/noarch::geopandas-0.9.0-py_1
geopandas-base pkgs/main/noarch::geopandas-base-0.9.0-py_1
geos pkgs/main/osx-64::geos-3.8.0-hb1e8313_0
geotiff pkgs/main/osx-64::geotiff-1.6.0-h02c1893_0
gettext pkgs/main/osx-64::gettext-0.21.0-h7535e17_0
giflib pkgs/main/osx-64::giflib-5.2.1-haf1e3a3_0
glib pkgs/main/osx-64::glib-2.69.1-hdf23fa2_0
h5py pkgs/main/osx-64::h5py-3.2.1-py37h90fc2a2_0
hdf4 pkgs/main/osx-64::hdf4-4.2.13-h39711bb_2
hdf5 pkgs/main/osx-64::hdf5-1.10.6-hdbbcd12_0
icu pkgs/main/osx-64::icu-58.2-h0a44026_3
intel-openmp pkgs/main/osx-64::intel-openmp-2021.3.0-hecd8cb5_3375
joblib pkgs/main/noarch::joblib-1.0.1-pyhd3eb1b0_0
jpeg pkgs/main/osx-64::jpeg-9d-h9ed2024_0
json-c pkgs/main/osx-64::json-c-0.13.1-h3efe00b_0
kealib pkgs/main/osx-64::kealib-1.4.14-h7bbef82_0
kiwisolver pkgs/main/osx-64::kiwisolver-1.3.1-py37h23ab428_0
krb5 pkgs/main/osx-64::krb5-1.19.2-hcd88c3b_0
lcms2 pkgs/main/osx-64::lcms2-2.12-hf1fd2bf_0
libboost pkgs/main/osx-64::libboost-1.73.0-hd4c2dcd_11
libcurl pkgs/main/osx-64::libcurl-7.78.0-hb8e4fae_0
libcxx pkgs/main/osx-64::libcxx-12.0.0-h2f01273_0
libdap4 pkgs/main/osx-64::libdap4-3.19.1-h3d3e54a_0
libedit pkgs/main/osx-64::libedit-3.1.20210714-h9ed2024_0
libev pkgs/main/osx-64::libev-4.33-h9ed2024_1
libffi pkgs/main/osx-64::libffi-3.3-hb1e8313_2
libgdal pkgs/main/osx-64::libgdal-3.0.2-ha1444b2_1
libgfortran pkgs/main/osx-64::libgfortran-3.0.1-h93005f0_2
libiconv pkgs/main/osx-64::libiconv-1.16-h1de35cc_0
libkml pkgs/main/osx-64::libkml-1.3.0-h952ee91_5
libllvm10 pkgs/main/osx-64::libllvm10-10.0.1-h76017ad_5
libnetcdf pkgs/main/osx-64::libnetcdf-4.6.1-hfd9a460_4
libnghttp2 pkgs/main/osx-64::libnghttp2-1.41.0-h7580e61_2
libpng pkgs/main/osx-64::libpng-1.6.37-ha441bb4_0
libpq pkgs/main/osx-64::libpq-12.2-h1b4eb34_1
libspatialindex pkgs/main/osx-64::libspatialindex-1.9.3-h23ab428_0
libspatialite pkgs/main/osx-64::libspatialite-4.3.0a-h5142b36_0
libssh2 pkgs/main/osx-64::libssh2-1.9.0-ha12b0ac_1
libtiff pkgs/main/osx-64::libtiff-4.2.0-h87d7836_0
libwebp-base pkgs/main/osx-64::libwebp-base-1.2.0-h9ed2024_0
libxml2 pkgs/main/osx-64::libxml2-2.9.12-hcdb78fc_0
llvm-openmp pkgs/main/osx-64::llvm-openmp-12.0.0-h0dcd299_1
llvmlite pkgs/main/osx-64::llvmlite-0.36.0-py37he4411ff_4
lz4-c pkgs/main/osx-64::lz4-c-1.9.3-h23ab428_1
mapclassify pkgs/main/noarch::mapclassify-2.4.3-pyhd3eb1b0_0
matplotlib pkgs/main/osx-64::matplotlib-3.4.2-py37hecd8cb5_0
matplotlib-base pkgs/main/osx-64::matplotlib-base-3.4.2-py37h8b3ea08_0
mkl pkgs/main/osx-64::mkl-2021.3.0-hecd8cb5_517
mkl-service pkgs/main/osx-64::mkl-service-2.4.0-py37h9ed2024_0
mkl_fft pkgs/main/osx-64::mkl_fft-1.3.0-py37h4a7008c_2
mkl_random pkgs/main/osx-64::mkl_random-1.2.2-py37hb2f4e1b_0
munch pkgs/main/noarch::munch-2.5.0-pyhd3eb1b0_0
munkres pkgs/main/noarch::munkres-1.1.4-py_0
ncurses pkgs/main/osx-64::ncurses-6.2-h0a44026_1
netcdf4 pkgs/main/osx-64::netcdf4-1.5.7-py37h1695cb1_0
networkx pkgs/main/noarch::networkx-2.6.3-pyhd3eb1b0_0
numba pkgs/main/osx-64::numba-0.53.1-py37hb2f4e1b_0
numexpr pkgs/main/osx-64::numexpr-2.7.3-py37h5873af2_1
numpy pkgs/main/osx-64::numpy-1.21.2-py37h4b4dc7a_0
numpy-base pkgs/main/osx-64::numpy-base-1.21.2-py37he0bd621_0
olefile pkgs/main/osx-64::olefile-0.46-py37_0
openjpeg pkgs/main/osx-64::openjpeg-2.4.0-h66ea3da_0
openssl pkgs/main/osx-64::openssl-1.1.1l-h9ed2024_0
pandas pkgs/main/osx-64::pandas-1.3.3-py37h5008ddb_0
patsy pkgs/main/osx-64::patsy-0.5.2-py37hecd8cb5_0
pcre pkgs/main/osx-64::pcre-8.45-h23ab428_0
pillow pkgs/main/osx-64::pillow-8.3.1-py37ha4cf6ea_0
pip pkgs/main/osx-64::pip-21.0.1-py37hecd8cb5_0
pixman pkgs/main/osx-64::pixman-0.40.0-h9ed2024_1
poppler pkgs/main/osx-64::poppler-0.81.0-h031bf0f_2
poppler-data pkgs/main/osx-64::poppler-data-0.4.10-hecd8cb5_0
postgresql pkgs/main/osx-64::postgresql-12.2-h1b4eb34_1
proj pkgs/main/osx-64::proj-6.2.1-hfd5b9e3_0
psycopg2 pkgs/main/osx-64::psycopg2-2.8.6-py37hbcfaee0_1
pyparsing pkgs/main/noarch::pyparsing-2.4.7-pyhd3eb1b0_0
pyproj pkgs/main/osx-64::pyproj-2.6.1.post1-py37hdfdfadc_1
pyshp pkgs/main/noarch::pyshp-2.1.3-pyhd3eb1b0_0
python pkgs/main/osx-64::python-3.7.11-h88f2d9e_0
python-dateutil pkgs/main/noarch::python-dateutil-2.8.2-pyhd3eb1b0_0
pytz pkgs/main/noarch::pytz-2021.3-pyhd3eb1b0_0
rasterio pkgs/main/osx-64::rasterio-1.1.0-py37heeaa653_0
readline pkgs/main/osx-64::readline-8.1-h9ed2024_0
rtree pkgs/main/osx-64::rtree-0.9.7-py37hecd8cb5_1
scikit-learn pkgs/main/osx-64::scikit-learn-0.24.2-py37hb2f4e1b_0
scipy pkgs/main/osx-64::scipy-1.7.1-py37h88652d9_2
setuptools pkgs/main/osx-64::setuptools-58.0.4-py37hecd8cb5_0
shapely pkgs/main/osx-64::shapely-1.7.1-py37h9250791_0
six pkgs/main/noarch::six-1.16.0-pyhd3eb1b0_0
snuggs pkgs/main/noarch::snuggs-1.4.7-pyhd3eb1b0_0
sqlite pkgs/main/osx-64::sqlite-3.36.0-hce871da_0
statsmodels pkgs/main/osx-64::statsmodels-0.12.2-py37h9ed2024_0
tbb pkgs/main/osx-64::tbb-2020.3-h879752b_0
threadpoolctl pkgs/main/noarch::threadpoolctl-2.2.0-pyh0d69192_0
tiledb pkgs/main/osx-64::tiledb-2.2.9-hdc16fd3_0
tk pkgs/main/osx-64::tk-8.6.11-h7bc2e8c_0
tornado pkgs/main/osx-64::tornado-6.1-py37h9ed2024_0
wheel pkgs/main/noarch::wheel-0.37.0-pyhd3eb1b0_1
xerces-c pkgs/main/osx-64::xerces-c-3.2.3-h48eee30_0
xmltodict pkgs/main/noarch::xmltodict-0.12.0-pyhd3eb1b0_0
xz pkgs/main/osx-64::xz-5.2.5-h1de35cc_0
zlib pkgs/main/osx-64::zlib-1.2.11-h1de35cc_3
zstd pkgs/main/osx-64::zstd-1.4.9-h322a384_0
Proceed ([y]/n)?
Just press y when conda asks Proceed ([y]/n)? and let conda setup your environment. The terminal response should then be like this:
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
affine-2.3.0 | 17 KB | ##################################################################################################################### | 100%
mkl_random-1.2.2 | 263 KB | ##################################################################################################################### | 100%
geotiff-1.6.0 | 120 KB | ##################################################################################################################### | 100%
aws-checksums-0.1.9 | 47 KB | ##################################################################################################################### | 100%
rtree-0.9.7 | 47 KB | ##################################################################################################################### | 100%
mapclassify-2.4.3 | 36 KB | ##################################################################################################################### | 100%
numba-0.53.1 | 3.2 MB | ##################################################################################################################### | 100%
olefile-0.46 | 49 KB | ##################################################################################################################### | 100%
psycopg2-2.8.6 | 139 KB | ##################################################################################################################### | 100%
fiona-1.8.13.post1 | 639 KB | ##################################################################################################################### | 100%
libboost-1.73.0 | 12.7 MB | ##################################################################################################################### | 100%
scikit-learn-0.24.2 | 4.8 MB | ##################################################################################################################### | 100%
python-3.7.11 | 18.1 MB | ##################################################################################################################### | 100%
xerces-c-3.2.3 | 1.9 MB | ##################################################################################################################### | 100%
rasterio-1.1.0 | 6.5 MB | ##################################################################################################################### | 100%
pixman-0.40.0 | 341 KB | ##################################################################################################################### | 100%
aws-c-common-0.4.57 | 140 KB | ##################################################################################################################### | 100%
munch-2.5.0 | 13 KB | ##################################################################################################################### | 100%
libpq-12.2 | 2.0 MB | ##################################################################################################################### | 100%
poppler-data-0.4.10 | 2.1 MB | ##################################################################################################################### | 100%
certifi-2021.10.8 | 151 KB | ##################################################################################################################### | 100%
fontconfig-2.13.1 | 211 KB | ##################################################################################################################### | 100%
cycler-0.10.0 | 14 KB | ##################################################################################################################### | 100%
geopandas-base-0.9.0 | 919 KB | ##################################################################################################################### | 100%
h5py-3.2.1 | 894 KB | ##################################################################################################################### | 100%
cligj-0.7.2 | 13 KB | ##################################################################################################################### | 100%
matplotlib-3.4.2 | 26 KB | ##################################################################################################################### | 100%
matplotlib-base-3.4. | 5.5 MB | ##################################################################################################################### | 100%
mkl_fft-1.3.0 | 159 KB | ##################################################################################################################### | 100%
bottleneck-1.3.2 | 107 KB | ##################################################################################################################### | 100%
aws-c-event-stream-0 | 21 KB | ##################################################################################################################### | 100%
proj-6.2.1 | 8.8 MB | ##################################################################################################################### | 100%
kealib-1.4.14 | 139 KB | ##################################################################################################################### | 100%
postgresql-12.2 | 3.3 MB | ##################################################################################################################### | 100%
libgdal-3.0.2 | 10.4 MB | ##################################################################################################################### | 100%
poppler-0.81.0 | 1.5 MB | ##################################################################################################################### | 100%
tornado-6.1 | 588 KB | ##################################################################################################################### | 100%
libkml-1.3.0 | 425 KB | ##################################################################################################################### | 100%
libspatialite-4.3.0a | 2.1 MB | ##################################################################################################################### | 100%
numexpr-2.7.3 | 124 KB | ##################################################################################################################### | 100%
giflib-5.2.1 | 70 KB | ##################################################################################################################### | 100%
pip-21.0.1 | 1.8 MB | ##################################################################################################################### | 100%
numpy-base-1.21.2 | 4.6 MB | ##################################################################################################################### | 100%
hdf4-4.2.13 | 682 KB | ##################################################################################################################### | 100%
cairo-1.16.0 | 911 KB | ##################################################################################################################### | 100%
pandas-1.3.3 | 8.8 MB | ##################################################################################################################### | 100%
hdf5-1.10.6 | 3.0 MB | ##################################################################################################################### | 100%
patsy-0.5.2 | 268 KB | ##################################################################################################################### | 100%
cached-property-1.5. | 11 KB | ##################################################################################################################### | 100%
aws-sdk-cpp-1.8.185 | 1.6 MB | ##################################################################################################################### | 100%
pyshp-2.1.3 | 37 KB | ##################################################################################################################### | 100%
scipy-1.7.1 | 15.3 MB | ##################################################################################################################### | 100%
snuggs-1.4.7 | 9 KB | ##################################################################################################################### | 100%
libdap4-3.19.1 | 1.1 MB | ##################################################################################################################### | 100%
pyproj-2.6.1.post1 | 330 KB | ##################################################################################################################### | 100%
numpy-1.21.2 | 23 KB | ##################################################################################################################### | 100%
pillow-8.3.1 | 607 KB | ##################################################################################################################### | 100%
cftime-1.5.0 | 168 KB | ##################################################################################################################### | 100%
libnetcdf-4.6.1 | 782 KB | ##################################################################################################################### | 100%
setuptools-58.0.4 | 787 KB | ##################################################################################################################### | 100%
freexl-1.0.6 | 38 KB | ##################################################################################################################### | 100%
gdal-3.0.2 | 1.1 MB | ##################################################################################################################### | 100%
geopandas-0.9.0 | 10 KB | ##################################################################################################################### | 100%
shapely-1.7.1 | 372 KB | ##################################################################################################################### | 100%
llvmlite-0.36.0 | 296 KB | ##################################################################################################################### | 100%
json-c-0.13.1 | 59 KB | ##################################################################################################################### | 100%
statsmodels-0.12.2 | 8.2 MB | ##################################################################################################################### | 100%
tiledb-2.2.9 | 1.5 MB | ##################################################################################################################### | 100%
geos-3.8.0 | 815 KB | ##################################################################################################################### | 100%
cfitsio-3.470 | 782 KB | ##################################################################################################################### | 100%
netcdf4-1.5.7 | 387 KB | ##################################################################################################################### | 100%
cartopy-0.18.0 | 1.7 MB | ##################################################################################################################### | 100%
click-plugins-1.1.1 | 10 KB | ##################################################################################################################### | 100%
mkl-service-2.4.0 | 44 KB | ##################################################################################################################### | 100%
kiwisolver-1.3.1 | 52 KB | ##################################################################################################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: \
Installed package of scikit-learn can be accelerated using scikit-learn-intelex.
More details are available here: https://intel.github.io/scikit-learn-intelex
For example:
$ conda install scikit-learn-intelex
$ python -m sklearnex my_application.py
done
#
# To activate this environment, use
#
# $ conda activate geoimagine001
#
# To deactivate an active environment, use
#
# $ conda deactivate
If something goes wrong you just simply delete the virtual environment:
$ conda remove —-name geoimagine001 –all
or
$ conda env remove —-name geoimagine001
The conda base setup is not affected by either installing or deleting a virtual environment.
Default and conda-forge packages
Hide/Show conda-forge create command and response
$ conda create --name geoimagine_202109
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /Applications/anaconda3/envs/geoimagine_202109
added / updated specs:
- cartopy
- fiona
- gdal
- geopandas
- h5py
- matplotlib
- netcdf4
- numba
- numpy
- pandas
- pip
- plotnine
- psycopg2
- rasterio
- scipy
- sentinelsat
- statsmodels
- svgwrite
- tqdm
- xmltodict
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
affine-2.3.0 | py_0 16 KB conda-forge
attrs-21.4.0 | pyhd8ed1ab_0 49 KB conda-forge
blosc-1.21.0 | he49afe7_0 920 KB conda-forge
boost-cpp-1.74.0 | hf3dc895_5 15.6 MB conda-forge
branca-0.4.2 | pyhd8ed1ab_0 26 KB conda-forge
brotli-1.0.9 | h0d85af4_6 18 KB conda-forge
brotli-bin-1.0.9 | h0d85af4_6 17 KB conda-forge
brotlipy-0.7.0 |py310he24745e_1003 363 KB conda-forge
bzip2-1.0.8 | h0d85af4_4 155 KB conda-forge
c-ares-1.18.1 | h0d85af4_0 100 KB conda-forge
ca-certificates-2021.10.8 | h033912b_0 139 KB conda-forge
cached-property-1.5.2 | hd8ed1ab_1 4 KB conda-forge
cached_property-1.5.2 | pyha770c72_1 11 KB conda-forge
cairo-1.16.0 | he01c77b_1009 1.3 MB conda-forge
cartopy-0.20.2 | py310hebf2dc4_0 1.7 MB conda-forge
certifi-2021.10.8 | py310h2ec42d9_1 145 KB conda-forge
cffi-1.15.0 | py310hcc37b68_0 226 KB conda-forge
cfitsio-4.0.0 | hb20e66c_0 1.3 MB conda-forge
cftime-1.5.1.1 | py310h81f86ea_1 206 KB conda-forge
charset-normalizer-2.0.10 | pyhd8ed1ab_0 34 KB conda-forge
click-8.0.3 | py310h2ec42d9_1 149 KB conda-forge
click-plugins-1.1.1 | py_0 9 KB conda-forge
cligj-0.7.2 | pyhd8ed1ab_1 10 KB conda-forge
colorama-0.4.4 | pyh9f0ad1d_0 18 KB conda-forge
cryptography-36.0.1 | py310ha82f1d4_0 1.4 MB conda-forge
curl-7.81.0 | hf45b732_0 145 KB conda-forge
cycler-0.11.0 | pyhd8ed1ab_0 10 KB conda-forge
descartes-1.1.0 | py_4 7 KB conda-forge
expat-2.4.2 | he49afe7_0 143 KB conda-forge
fiona-1.8.20 | py310h56b70e1_4 966 KB conda-forge
folium-0.12.1.post1 | pyhd8ed1ab_1 64 KB conda-forge
font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37| hab24e00_0 388 KB conda-forge
font-ttf-inconsolata-3.000 | h77eed37_0 94 KB conda-forge
font-ttf-source-code-pro-2.038| h77eed37_0 684 KB conda-forge
font-ttf-ubuntu-0.83 | hab24e00_0 1.9 MB conda-forge
fontconfig-2.13.1 | h10f422b_1005 271 KB conda-forge
fonts-conda-ecosystem-1 | 0 4 KB conda-forge
fonts-conda-forge-1 | 0 4 KB conda-forge
fonttools-4.28.5 | py310he24745e_0 1.6 MB conda-forge
freetype-2.10.4 | h4cff582_1 890 KB conda-forge
freexl-1.0.6 | h0d85af4_0 42 KB conda-forge
gdal-3.4.0 | py310h17500b9_12 1.9 MB conda-forge
geojson-2.5.0 | py_0 15 KB conda-forge
geomet-0.3.0 | pyhd3deb0d_0 26 KB conda-forge
geopandas-0.10.2 | pyhd8ed1ab_1 5 KB conda-forge
geopandas-base-0.10.2 | pyha770c72_1 982 KB conda-forge
geos-3.10.1 | he49afe7_1 1.2 MB conda-forge
geotiff-1.7.0 | h9e3163f_5 127 KB conda-forge
gettext-0.19.8.1 | hd1a6beb_1008 3.3 MB conda-forge
giflib-5.2.1 | hbcb3906_2 71 KB conda-forge
h5py-3.6.0 |nompi_py310h47026f8_100 1.2 MB conda-forge
hdf4-4.2.15 | hefd3b78_3 885 KB conda-forge
hdf5-1.12.1 |nompi_h2f0ef1a_103 3.7 MB conda-forge
html2text-2020.1.16 | py_0 33 KB conda-forge
icu-69.1 | he49afe7_0 12.9 MB conda-forge
idna-3.1 | pyhd3deb0d_0 52 KB conda-forge
jbig-2.1 | h0d85af4_2003 42 KB conda-forge
jinja2-3.0.3 | pyhd8ed1ab_0 99 KB conda-forge
joblib-1.1.0 | pyhd8ed1ab_0 210 KB conda-forge
jpeg-9d | hbcb3906_0 250 KB conda-forge
json-c-0.15 | hcb556a6_0 70 KB conda-forge
kealib-1.4.14 | ha22a8b1_3 156 KB conda-forge
kiwisolver-1.3.2 | py310h2fea185_1 64 KB conda-forge
krb5-1.19.2 | hcfbf3a7_3 1.2 MB conda-forge
lcms2-2.12 | h577c468_0 404 KB conda-forge
lerc-3.0 | he49afe7_0 170 KB conda-forge
libblas-3.9.0 |12_osx64_openblas 12 KB conda-forge
libbrotlicommon-1.0.9 | h0d85af4_6 63 KB conda-forge
libbrotlidec-1.0.9 | h0d85af4_6 33 KB conda-forge
libbrotlienc-1.0.9 | h0d85af4_6 324 KB conda-forge
libcblas-3.9.0 |12_osx64_openblas 12 KB conda-forge
libcurl-7.81.0 | hf45b732_0 319 KB conda-forge
libcxx-12.0.1 | habf9029_1 1.1 MB conda-forge
libdap4-3.20.6 | h3e144a0_2 2.2 MB conda-forge
libdeflate-1.8 | h0d85af4_0 67 KB conda-forge
libedit-3.1.20191231 | h0678c8f_2 103 KB conda-forge
libev-4.33 | haf1e3a3_1 99 KB conda-forge
libffi-3.4.2 | h0d85af4_5 50 KB conda-forge
libgdal-3.4.0 | h3ab75b0_12 9.4 MB conda-forge
libgfortran-5.0.0 |9_3_0_h6c81a4c_23 19 KB conda-forge
libgfortran5-9.3.0 | h6c81a4c_23 1.7 MB conda-forge
libglib-2.70.2 | hf1fb8c0_1 2.8 MB conda-forge
libiconv-1.16 | haf1e3a3_0 1.3 MB conda-forge
libkml-1.3.0 | h8fd9edb_1014 483 KB conda-forge
liblapack-3.9.0 |12_osx64_openblas 12 KB conda-forge
libllvm11-11.1.0 | hd011deb_2 22.5 MB conda-forge
libnetcdf-4.8.1 |nompi_h6609ca0_101 1.3 MB conda-forge
libnghttp2-1.43.0 | h6f36284_1 867 KB conda-forge
libopenblas-0.3.18 |openmp_h3351f45_0 9.0 MB conda-forge
libpng-1.6.37 | h7cec526_2 313 KB conda-forge
libpq-14.1 | hea3049e_1 2.9 MB conda-forge
librttopo-1.1.0 | h0d74fd6_8 219 KB conda-forge
libspatialindex-1.9.3 | he49afe7_4 400 KB conda-forge
libspatialite-5.0.1 | h24415ee_12 4.2 MB conda-forge
libssh2-1.10.0 | h52ee1ee_2 221 KB conda-forge
libtiff-4.3.0 | hd146c10_2 622 KB conda-forge
libwebp-base-1.2.1 | h0d85af4_0 692 KB conda-forge
libxml2-2.9.12 | h7e28ab6_1 684 KB conda-forge
libzip-1.8.0 | h8b0c345_1 117 KB conda-forge
libzlib-1.2.11 | h9173be1_1013 58 KB conda-forge
llvm-openmp-12.0.1 | hda6cdc1_1 287 KB conda-forge
llvmlite-0.38.0 | py310h003a20c_0 240 KB conda-forge
lz4-c-1.9.3 | he49afe7_1 155 KB conda-forge
mapclassify-2.4.3 | pyhd8ed1ab_0 36 KB conda-forge
markupsafe-2.0.1 | py310he24745e_1 21 KB conda-forge
matplotlib-3.5.1 | py310h2ec42d9_0 6 KB conda-forge
matplotlib-base-3.5.1 | py310hfc59cd6_0 7.5 MB conda-forge
mizani-0.7.3 | pyhd8ed1ab_0 53 KB conda-forge
munch-2.5.0 | py_0 12 KB conda-forge
munkres-1.1.4 | pyh9f0ad1d_0 12 KB conda-forge
ncurses-6.2 | h2e338ed_4 881 KB conda-forge
netcdf4-1.5.8 |nompi_py310h1579a17_101 447 KB conda-forge
networkx-2.6.3 | pyhd8ed1ab_1 1.5 MB conda-forge
nspr-4.32 | hcd9eead_1 247 KB conda-forge
nss-3.74 | h31e2bf1_0 2.0 MB conda-forge
numba-0.55.0 | py310h3ca88a5_0 3.8 MB conda-forge
numpy-1.21.5 | py310ha69e199_0 6.1 MB conda-forge
olefile-0.46 | pyh9f0ad1d_1 32 KB conda-forge
openjpeg-2.4.0 | h6e7aa92_1 374 KB conda-forge
openssl-1.1.1l | h0d85af4_0 1.9 MB conda-forge
packaging-21.3 | pyhd8ed1ab_0 36 KB conda-forge
pandas-1.3.5 | py310hdd25497_0 12.1 MB conda-forge
patsy-0.5.2 | pyhd8ed1ab_0 188 KB conda-forge
pcre-8.45 | he49afe7_0 220 KB conda-forge
pillow-8.4.0 | py310h7a4d1b7_0 688 KB conda-forge
pip-21.3.1 | pyhd8ed1ab_0 1.2 MB conda-forge
pixman-0.40.0 | hbcb3906_0 615 KB conda-forge
plotnine-0.8.0 | pyhd8ed1ab_0 3.8 MB conda-forge
poppler-21.11.0 | h9573804_0 1.7 MB conda-forge
poppler-data-0.4.11 | hd8ed1ab_0 3.6 MB conda-forge
postgresql-14.1 | he8fe76e_1 5.0 MB conda-forge
proj-8.2.0 | h1512c50_0 2.7 MB conda-forge
psycopg2-2.9.3 | py310hff56b6c_0 164 KB conda-forge
pycparser-2.21 | pyhd8ed1ab_0 100 KB conda-forge
pyopenssl-21.0.0 | pyhd8ed1ab_0 48 KB conda-forge
pyparsing-3.0.6 | pyhd8ed1ab_0 79 KB conda-forge
pyproj-3.3.0 | py310hc1e3477_0 469 KB conda-forge
pyshp-2.1.3 | pyh44b312d_0 36 KB conda-forge
pysocks-1.7.1 | py310h2ec42d9_4 28 KB conda-forge
python-3.10.2 |h1248fe1_0_cpython 12.9 MB conda-forge
python-dateutil-2.8.2 | pyhd8ed1ab_0 240 KB conda-forge
python_abi-3.10 | 2_cp310 4 KB conda-forge
pytz-2021.3 | pyhd8ed1ab_0 242 KB conda-forge
rasterio-1.2.10 | py310h18fb0d0_3 8.2 MB conda-forge
readline-8.1 | h05e3726_0 266 KB conda-forge
requests-2.27.1 | pyhd8ed1ab_0 53 KB conda-forge
rtree-0.9.7 | py310had9ce37_3 46 KB conda-forge
scikit-learn-1.0.2 | py310h598de7d_0 7.3 MB conda-forge
scipy-1.7.3 | py310h47774c9_0 20.6 MB conda-forge
sentinelsat-1.1.1 | pyhd8ed1ab_0 47 KB conda-forge
setuptools-59.8.0 | py310h2ec42d9_0 1.0 MB conda-forge
shapely-1.8.0 | py310h8c76d38_4 352 KB conda-forge
six-1.16.0 | pyh6c4a22f_0 14 KB conda-forge
snuggs-1.4.7 | py_0 8 KB conda-forge
sqlite-3.37.0 | h23a322b_0 1.8 MB conda-forge
statsmodels-0.13.1 | py310h81f86ea_0 10.9 MB conda-forge
svgwrite-1.4.1 | pyhd8ed1ab_0 51 KB conda-forge
threadpoolctl-3.0.0 | pyh8a188c0_0 17 KB conda-forge
tiledb-2.5.3 | hca4410a_0 3.1 MB conda-forge
tk-8.6.11 | h5dbffcc_1 3.3 MB conda-forge
tornado-6.1 | py310he24745e_2 657 KB conda-forge
tqdm-4.62.3 | pyhd8ed1ab_0 80 KB conda-forge
tzcode-2021e | h0d85af4_0 64 KB conda-forge
tzdata-2021e | he74cb21_0 121 KB conda-forge
urllib3-1.26.8 | pyhd8ed1ab_1 100 KB conda-forge
wheel-0.37.1 | pyhd8ed1ab_0 31 KB conda-forge
xerces-c-3.2.3 | h6564042_4 1.5 MB conda-forge
xmltodict-0.12.0 | py_0 11 KB conda-forge
xyzservices-2021.11.0 | pyhd8ed1ab_1 26 KB conda-forge
xz-5.2.5 | haf1e3a3_1 228 KB conda-forge
zlib-1.2.11 | h9173be1_1013 87 KB conda-forge
zstd-1.5.1 | h582d3a0_0 454 KB conda-forge
------------------------------------------------------------
Total: 255.8 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
affine conda-forge/noarch::affine-2.3.0-py_0
attrs conda-forge/noarch::attrs-21.4.0-pyhd8ed1ab_0
blosc conda-forge/osx-64::blosc-1.21.0-he49afe7_0
boost-cpp conda-forge/osx-64::boost-cpp-1.74.0-hf3dc895_5
branca conda-forge/noarch::branca-0.4.2-pyhd8ed1ab_0
brotli conda-forge/osx-64::brotli-1.0.9-h0d85af4_6
brotli-bin conda-forge/osx-64::brotli-bin-1.0.9-h0d85af4_6
brotlipy conda-forge/osx-64::brotlipy-0.7.0-py310he24745e_1003
bzip2 conda-forge/osx-64::bzip2-1.0.8-h0d85af4_4
c-ares conda-forge/osx-64::c-ares-1.18.1-h0d85af4_0
ca-certificates conda-forge/osx-64::ca-certificates-2021.10.8-h033912b_0
cached-property conda-forge/noarch::cached-property-1.5.2-hd8ed1ab_1
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python_abi-3.10 | 4 KB | #################################################################################################################################### | 100%
curl-7.81.0 | 145 KB | #################################################################################################################################### | 100%
pandas-1.3.5 | 12.1 MB | #################################################################################################################################### | 100%
psycopg2-2.9.3 | 164 KB | #################################################################################################################################### | 100%
patsy-0.5.2 | 188 KB | #################################################################################################################################### | 100%
lcms2-2.12 | 404 KB | #################################################################################################################################### | 100%
setuptools-59.8.0 | 1.0 MB | #################################################################################################################################### | 100%
font-ttf-dejavu-sans | 388 KB | #################################################################################################################################### | 100%
munch-2.5.0 | 12 KB | #################################################################################################################################### | 100%
geotiff-1.7.0 | 127 KB | #################################################################################################################################### | 100%
descartes-1.1.0 | 7 KB | #################################################################################################################################### | 100%
cached-property-1.5. | 4 KB | #################################################################################################################################### | 100%
llvmlite-0.38.0 | 240 KB | #################################################################################################################################### | 100%
libgfortran5-9.3.0 | 1.7 MB | #################################################################################################################################### | 100%
postgresql-14.1 | 5.0 MB | #################################################################################################################################### | 100%
proj-8.2.0 | 2.7 MB | #################################################################################################################################### | 100%
json-c-0.15 | 70 KB | #################################################################################################################################### | 100%
folium-0.12.1.post1 | 64 KB | #################################################################################################################################### | 100%
xmltodict-0.12.0 | 11 KB | #################################################################################################################################### | 100%
ncurses-6.2 | 881 KB | #################################################################################################################################### | 100%
charset-normalizer-2 | 34 KB | #################################################################################################################################### | 100%
libcblas-3.9.0 | 12 KB | #################################################################################################################################### | 100%
threadpoolctl-3.0.0 | 17 KB | #################################################################################################################################### | 100%
cffi-1.15.0 | 226 KB | #################################################################################################################################### | 100%
matplotlib-base-3.5. | 7.5 MB | #################################################################################################################################### | 100%
matplotlib-3.5.1 | 6 KB | #################################################################################################################################### | 100%
pcre-8.45 | 220 KB | #################################################################################################################################### | 100%
pyopenssl-21.0.0 | 48 KB | #################################################################################################################################### | 100%
brotlipy-0.7.0 | 363 KB | #################################################################################################################################### | 100%
geos-3.10.1 | 1.2 MB | #################################################################################################################################### | 100%
libdap4-3.20.6 | 2.2 MB | #################################################################################################################################### | 100%
libffi-3.4.2 | 50 KB | #################################################################################################################################### | 100%
cligj-0.7.2 | 10 KB | #################################################################################################################################### | 100%
cftime-1.5.1.1 | 206 KB | #################################################################################################################################### | 100%
libopenblas-0.3.18 | 9.0 MB | #################################################################################################################################### | 100%
fonts-conda-forge-1 | 4 KB | #################################################################################################################################### | 100%
libbrotlienc-1.0.9 | 324 KB | #################################################################################################################################### | 100%
libssh2-1.10.0 | 221 KB | #################################################################################################################################### | 100%
cfitsio-4.0.0 | 1.3 MB | #################################################################################################################################### | 100%
pip-21.3.1 | 1.2 MB | #################################################################################################################################### | 100%
giflib-5.2.1 | 71 KB | #################################################################################################################################### | 100%
libzlib-1.2.11 | 58 KB | #################################################################################################################################### | 100%
fiona-1.8.20 | 966 KB | #################################################################################################################################### | 100%
cached_property-1.5. | 11 KB | #################################################################################################################################### | 100%
xerces-c-3.2.3 | 1.5 MB | #################################################################################################################################### | 100%
pyparsing-3.0.6 | 79 KB | #################################################################################################################################### | 100%
python-dateutil-2.8. | 240 KB | #################################################################################################################################### | 100%
cartopy-0.20.2 | 1.7 MB | #################################################################################################################################### | 100%
jpeg-9d | 250 KB | #################################################################################################################################### | 100%
olefile-0.46 | 32 KB | #################################################################################################################################### | 100%
munkres-1.1.4 | 12 KB | #################################################################################################################################### | 100%
joblib-1.1.0 | 210 KB | #################################################################################################################################### | 100%
branca-0.4.2 | 26 KB | #################################################################################################################################### | 100%
urllib3-1.26.8 | 100 KB | #################################################################################################################################### | 100%
font-ttf-source-code | 684 KB | #################################################################################################################################### | 100%
krb5-1.19.2 | 1.2 MB | #################################################################################################################################### | 100%
snuggs-1.4.7 | 8 KB | #################################################################################################################################### | 100%
nss-3.74 | 2.0 MB | #################################################################################################################################### | 100%
libdeflate-1.8 | 67 KB | #################################################################################################################################### | 100%
netcdf4-1.5.8 | 447 KB | #################################################################################################################################### | 100%
sentinelsat-1.1.1 | 47 KB | #################################################################################################################################### | 100%
font-ttf-inconsolata | 94 KB | #################################################################################################################################### | 100%
pillow-8.4.0 | 688 KB | #################################################################################################################################### | 100%
shapely-1.8.0 | 352 KB | #################################################################################################################################### | 100%
tornado-6.1 | 657 KB | #################################################################################################################################### | 100%
libwebp-base-1.2.1 | 692 KB | #################################################################################################################################### | 100%
libgdal-3.4.0 | 9.4 MB | #################################################################################################################################### | 100%
tqdm-4.62.3 | 80 KB | #################################################################################################################################### | 100%
jinja2-3.0.3 | 99 KB | #################################################################################################################################### | 100%
poppler-21.11.0 | 1.7 MB | #################################################################################################################################### | 100%
zlib-1.2.11 | 87 KB | #################################################################################################################################### | 100%
cryptography-36.0.1 | 1.4 MB | #################################################################################################################################### | 100%
mapclassify-2.4.3 | 36 KB | #################################################################################################################################### | 100%
libspatialindex-1.9. | 400 KB | #################################################################################################################################### | 100%
geojson-2.5.0 | 15 KB | #################################################################################################################################### | 100%
blosc-1.21.0 | 920 KB | #################################################################################################################################### | 100%
libpng-1.6.37 | 313 KB | #################################################################################################################################### | 100%
openjpeg-2.4.0 | 374 KB | #################################################################################################################################### | 100%
icu-69.1 | 12.9 MB | #################################################################################################################################### | 100%
numba-0.55.0 | 3.8 MB | #################################################################################################################################### | 100%
jbig-2.1 | 42 KB | #################################################################################################################################### | 100%
xz-5.2.5 | 228 KB | #################################################################################################################################### | 100%
boost-cpp-1.74.0 | 15.6 MB | #################################################################################################################################### | 100%
certifi-2021.10.8 | 145 KB | #################################################################################################################################### | 100%
rtree-0.9.7 | 46 KB | #################################################################################################################################### | 100%
libnetcdf-4.8.1 | 1.3 MB | #################################################################################################################################### | 100%
scikit-learn-1.0.2 | 7.3 MB | #################################################################################################################################### | 100%
plotnine-0.8.0 | 3.8 MB | #################################################################################################################################### | 100%
numpy-1.21.5 | 6.1 MB | #################################################################################################################################### | 100%
hdf5-1.12.1 | 3.7 MB | #################################################################################################################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
# $ conda activate geoimagine_202109
#
# To deactivate an active environment, use
#
# $ conda deactivate
Create a new environment with specified python version
If you now create a new environment with a specified python environment:
$ conda create –n geoimagine_py37_01 python=3.7
or
$ conda create –no-default-packages –n ortho_py38 python=3.8 numpy pandas scikit-learn
Activate your environment
To list available environments type:
$ conda info –e
If you want to activate a specific environment (‘other than ‘base’ that is now the default) type at the terminal:
$ conda activate geoimagine001
The prompt should change to say
(geoimagine001) … $
You can now make additional installations to your environment. But for now you only have to locate your virtual environment to learn its path. You need to know that in order to link it as the Python interpreter in Eclipse later.
Locate your environment
You can tell conda to put your virtual environment under any path, but by default it is put under your Anaconda installation at:
../anacondaX/envs , which in my example (for Anaconda3) then becomes
../anaconda3/envs/geoimagine001 .
If you explore that path you can find the packages installed under
../anaconda3/envs/geoimagine001/lib/python3.7/site-packages . (where python3.7 is the Python version I installed, but can differ if you installed another version).
Set your Python interpreter in Eclipse
With Eclipse workbench up and running, select from the top menu:
In the Preferences window that opens, click the PyDev expansion icon (>) in the menu to the left. In the expanded sub-list click the expansion icon for Interpreters and click Python interpreter . In the window that opens, click the Browse for python/pypy exe button in the upper right corner. The dialog window Select Interpreters opens.
Click the Browse button next to the textbox Interpreter Executable .
If you created a virtual environment, navigate to where you stored it and find the Python binary file (e.g. …/anaconda3/envs/geoimagine001/bin/python) and choose that file. Then edit the textbox Interpreter Name to something like ‘Python3.x geoimagine001’.
If you did not setup a virtual Python environment you can use the Anaconda default (or ‘base’) environment as your Python interpreter. Click the Browse button and navigate to where you installed Anaconda , and drill down to the Python binary:
…/anaconda3/bin/python
Regardless of which interpreter you selected, click Finish/OK , and the dialog window Selection Needed appears. Accept the default selection (all listed items), and click Finish/OK again. All the selected Libraries and their associated Packages will be linked to your project, and show up in the lower frame of the Preferences window. When finished, click Apply and Close .
Install additional packages in your environments
There are two main methods for installing additional Python packages to your conda environment, either using conda install or pip . The general recommendation is to use just one of these for individual environments, with conda install being the preferred method. But not all packages are available as default conda installations. All conda default available packages are listed here . Some of the packages required by Karttur´s GeoImagaine Framework are only available via pip , and you thus have to mix conda install and pip as installations methods when setting up the complete library needed.
conda install
You can install new packages into your environment in the usual way that conda packages are installed. Just make sure that the terminal prompt points at your environment:
(geoimagine???) … $ conda install -c conda-forge svgwrite
or tell conda under which environment to install the packages:
$ conda install –name geoimagine??? -c conda-forge svgwrite/span>
Once the installation is finished you should see the installed packages under the site-packages path and with the $ conda list
Install non-listed conda packages
If you want to install a package that is not listed as an available package for your conda distribution (see above) you should first search for it as it might have been a recent addition.
$ conda search plotnine
If the search identifies the package just go ahead and install it. If the package is not found you might still find it by looking for it using your web-browser, as also suggested by a non-successful search:
To search for alternate channels that may provide the conda package you're
looking for, navigate to
https://anaconda.org
and use the search bar at the top of the page.
For the example with plotnine , it is available for installation from the conda-forge channel, e.g.:
$ conda install -c conda-forge plotnine
If your package is available, it is likely that it is listed under a “-forge” command. This means that when conda install tries to solve the environment it will first report any conflicts with existing packages, and then forge conflicts. There are three alternative conflicts:
SUPERSEED
UPGRADE
DOWNGRADE
Superseed means that the new package comes with a dependency that is already installed, but that the dependency will be replaced by the alternative found with the new package. It should be exactly the same package with the same content as the existing dependency, but it will nevertheless be replaces. For all cases I have encountered it has worked out fine to accept the superseed . Otherwise this is the reason you are using a (virtual) environment. You just repeat the setup until the point where it went wrong, and then try another solution.
If the -forge installation reports that a package is to be upgrade(d) that might work. If it reports that a package is in for a downgrade then proceeding with the installation is likely to cause problems with other packages. One solution is then to export your environment and try other versions or alternatives. Change the conflicting packages to use the same version of the common dependency (you have to look in the documentation to find versions that can go together).
Install using pip
If the package you want to install is neither available with $ conda install , nor available as a $ conda -forge installation, you need to use an alternative package manager (as described here ). This more or less always boils down to pip .
The package seasonal , used for estimating and removing trend and periodicity in time-series is only available using pip :
(geoimagine0) … $ pip install seasonal
Again you can check that the package was installed in the correct place by exploring the site-packages path.
Additional installations
The complete GeoImagine Framework requires a handful of additional installations:
landsatexplore
plotnine*
pypng*
seasonal
sentinelsat*
svgis
svgwrite*
tqdm*
* = installed with the extended channel conda-forge above.
landsatxplore
Landsatxplore is a package for searching and downloading Landsat satellite image scenes from EarthExplorer . There are alternative packages that can be used for the same task, but Karttur’s GeoImagine Framework is set up for using Landsatxplore. If you want to use Landsat data from EarthExplorer you need to register as an EarthExplorer user.
Landsatxplore is not available at any conda channel and you need to use the pip installation manager.
$ pip install landsatxplore
plotnine
plotnine is a powerful graphics editor that you can use for composing maps and layouts in Python. It is like a Python version of the popular “Grammar of graphics” concept used by ggplot . The grammar allows users to compose plots by explicitly mapping data to the visual objects that make up the plot. plotnine is available on several conda channels, and can for instance be installed using the command:
$ conda install -c conda-forge plotnine
seasonal
The seasonal package estimate and remove trend and periodicity in time-series. In the Framework it is used for time-series decomposition and trend estimations.
NOTE that in the Framework the seasonal package is edited to include more options and with altered default settings .
The seasonal package is installed with pip install
$ pip install seasonal
sentinelsat
In the Framework Sentinelsat is used for searching, downloading and retrieving the metadata and the actual data of Sentinel satellite images from the Copernicus Open Access Hub.
Sentinelsat is preferably installed via conda-forge
$ conda install -c conda-forge sentinelsat .
Sentinelsat can also be installed with pip install :
$ pip install sentinelsat .
svgis
SVGIS converts vector geodata to Scalable Vector Graphics (SVG). SVG can be styled using Cascaded Style Sheets (CSS) and also read and manipulated by drawing programs. In the Framework SVGIS is primarily used for exporting vector data to use as overlays in map layouts.
SVGIS is installed with pip install
$ pip install svgis
svgwrite
SVGwrite is a more general library for writing SVG formated vector graphics. It is used for creating legends and other layout items for maps. The preferred installation is using conda :
$ conda install -c conda-forge svgwrite
svgwrite is also available as pip install
$ pip install svgwrite
GRACE & GLDAS Tools (ggtools) is a library for GRACE(Gravity Recovery and Climate Experiment) and GRACE-FO(Follow-on) GSM data(RL06 Level-2 monthly solutions) and GLDAS grid data. The package itself is installed using pip . It is dependent on cartopy , netcdf4 and h5py ; all included as default packages (listed in .condarc ).
$ pip install ggtools
tqdm
tqdm is used for adding a progress line for large processes, it is preferably installed via conda-forge :
$ conda install -c conda-forge tqdm
Export and import environments
Once you have created a virtual environment that satisfies your needs, you can export it as .yml file. You can then use the .yml file to setup a new virtual environment, or share it to allow others to set up identical environments.
Export environment file (yml)
Activate the environment you want export
$ source activate geoimagine0 ,
and then export
(geoimagine) … $ conda env export > geoimagine0.yml .
The exported .yml file below shows the complete installation of all packages required for Karttur’s GeoImagine Framework.
Hide/Show conda exported packages
name: geoimagine_202003_py37a
channels:
- conda-forge
- defaults
dependencies:
- affine=2.3.0=py_0
- attrs=20.3.0=pyhd3eb1b0_0
- blas=1.0=mkl
- brotlipy=0.7.0=py37hf967b71_1001
- bzip2=1.0.8=h1de35cc_0
- ca-certificates=2020.12.5=h033912b_0
- cairo=1.14.12=hc4e6be7_4
- cartopy=0.18.0=py37hf1ba7ce_1
- certifi=2020.12.5=py37hf985489_1
- cffi=1.14.4=py37hbddb872_0
- cfitsio=3.470=hb33e7b4_2
- cftime=1.4.1=py37he3068b8_0
- chardet=4.0.0=py37hf985489_1
- click=7.1.2=pyhd3eb1b0_0
- click-plugins=1.1.1=py_0
- cligj=0.7.1=py37hecd8cb5_0
- cryptography=3.4.4=py37ha1e1f9f_0
- curl=7.67.0=ha441bb4_0
- cycler=0.10.0=py37_0
- descartes=1.1.0=py_4
- expat=2.2.10=hb1e8313_2
- fiona=1.8.13.post1=py37h9c05f0f_0
- fontconfig=2.13.1=ha9ee91d_0
- freetype=2.10.4=ha233b18_0
- freexl=1.0.6=h9ed2024_0
- gdal=3.0.2=py37hbe65578_0
- geojson=2.5.0=py_0
- geomet=0.3.0=pyhd3deb0d_0
- geopandas=0.8.1=py_0
- geos=3.8.0=hb1e8313_0
- geotiff=1.5.1=h0b0f252_0
- gettext=0.19.8.1=h15daf44_3
- giflib=5.1.4=h1de35cc_1
- glib=2.63.1=hd977a24_0
- h5py=2.10.0=py37h3134771_0
- hdf4=4.2.13=h39711bb_2
- hdf5=1.10.4=hfa1e0ec_0
- html2text=2020.1.16=py_0
- icu=58.2=h0a44026_3
- idna=2.10=pyh9f0ad1d_0
- intel-openmp=2019.4=233
- jpeg=9b=he5867d9_2
- json-c=0.13.1=h3efe00b_0
- kealib=1.4.7=hf5ed860_6
- kiwisolver=1.3.1=py37h23ab428_0
- krb5=1.16.4=hddcf347_0
- lcms2=2.11=h92f6f08_0
- libboost=1.67.0=hebc422b_4
- libcurl=7.67.0=h051b688_0
- libcxx=10.0.0=1
- libdap4=3.19.1=h3d3e54a_0
- libedit=3.1.20191231=h1de35cc_1
- libffi=3.2.1=h0a44026_1007
- libgdal=3.0.2=h42cfeda_0
- libgfortran=3.0.1=h93005f0_2
- libiconv=1.16=h1de35cc_0
- libkml=1.3.0=hbe12b63_4
- libllvm10=10.0.1=h76017ad_5
- libnetcdf=4.6.1=hd5207e6_2
- libpng=1.6.37=ha441bb4_0
- libpq=11.2=h051b688_0
- libspatialindex=1.9.3=h0a44026_0
- libspatialite=4.3.0a=h5142b36_0
- libssh2=1.9.0=ha12b0ac_1
- libtiff=4.1.0=hcb84e12_0
- libxml2=2.9.10=h7cdb67c_3
- llvm-openmp=10.0.0=h28b9765_0
- llvmlite=0.34.0=py37h739e7dc_4
- lz4-c=1.8.1.2=h1de35cc_0
- matplotlib=3.3.2=hecd8cb5_0
- matplotlib-base=3.3.2=py37h181983e_0
- mizani=0.7.2=pyhd8ed1ab_0
- mkl=2019.4=233
- mkl-service=2.3.0=py37h9ed2024_0
- mkl_fft=1.2.0=py37hc64f4ea_0
- mkl_random=1.1.1=py37h959d312_0
- munch=2.5.0=py_0
- ncurses=6.2=h0a44026_1
- netcdf4=1.4.2=py37h13743db_0
- numba=0.51.2=py37h959d312_1
- olefile=0.46=py37_0
- openjpeg=2.3.0=hb95cd4c_1
- openssl=1.1.1i=h35c211d_0
- palettable=3.3.0=py_0
- pandas=1.2.1=py37hb2f4e1b_0
- patsy=0.5.1=py37_0
- pcre=8.44=hb1e8313_0
- pillow=8.1.0=py37h5270095_0
- pip=20.3.3=py37hecd8cb5_0
- pixman=0.40.0=haf1e3a3_0
- plotnine=0.7.1=py_0
- poppler=0.65.0=ha097c24_1
- poppler-data=0.4.10=hecd8cb5_0
- postgresql=11.2=h051b688_0
- proj=6.2.1=hfd5b9e3_0
- psycopg2=2.8.4=py37ha12b0ac_0
- pycparser=2.20=pyh9f0ad1d_2
- pyopenssl=20.0.1=pyhd8ed1ab_0
- pyparsing=2.4.7=pyhd3eb1b0_0
- pyproj=2.6.1.post1=py37h6d9c95c_1
- pyshp=2.1.3=pyhd3eb1b0_0
- pysocks=1.7.1=py37hf985489_3
- python=3.7.7=hfe9666f_0_cpython
- python-dateutil=2.8.1=pyhd3eb1b0_0
- python_abi=3.7=1_cp37m
- pytz=2021.1=pyhd3eb1b0_0
- rasterio=1.1.0=py37heeaa653_0
- readline=7.0=h1de35cc_5
- requests=2.25.1=pyhd3deb0d_0
- rtree=0.9.4=py37_1
- scipy=1.6.0=py37h2515648_0
- sentinelsat=0.14=pyh9f0ad1d_0
- setuptools=52.0.0=py37hecd8cb5_0
- shapely=1.7.1=py37hb435bde_0
- six=1.15.0=py37hecd8cb5_0
- snuggs=1.4.7=py_0
- sqlite=3.33.0=hffcf06c_0
- statsmodels=0.12.1=py37h9ed2024_0
- svgwrite=1.4.1=pyhd8ed1ab_0
- tbb=2018.0.5=h04f5b5a_0
- tiledb=1.6.3=h29f752d_0
- tk=8.6.10=hb0a8c7a_0
- tornado=6.1=py37h9ed2024_0
- tqdm=4.56.2=pyhd8ed1ab_0
- urllib3=1.26.3=pyhd8ed1ab_0
- wheel=0.36.2=pyhd3eb1b0_0
- xerces-c=3.2.3=h48eee30_0
- xmltodict=0.12.0=py_0
- xz=5.2.5=h1de35cc_0
- zlib=1.2.11=h1de35cc_3
- zstd=1.3.7=h5bba6e5_0
- pip:
- appdirs==1.4.4
- astropy==4.2
- cssselect==1.1.0
- datetime==4.3
- decorator==4.4.2
- ggtools==1.1.7
- gpy==1.9.9
- landsatxplore==0.9
- lxml==4.6.2
- numpy==1.20.1
- packaging==20.9
- paramz==0.9.5
- pooch==1.3.0
- pyerfa==1.7.2
- pyshtools==4.8
- seasonal==0.3.1
- sphericalpolygon==1.2.0
- svgis==0.5.1
- tinycss2==1.1.0
- utm==0.7.0
- webencodings==0.5.1
- xarray==0.16.2
- zope-interface==5.2.0
prefix: /Applications/anaconda3/envs/geoimagine_202003_py37a
Import
TO be completed
Resources
Using the .condarc conda configuration file
Anaconda package lists
Conda - Managing environments
Using the .condarc conda configuration file